معاونت درمان فعالیت خود را از سال ۱۳۷۴ در شبکه بهداشت و درمان شهرستان شهریار مشترک با  معاونت غذا ودارو آغاز نموده  است. در سال ۱۳۸۶معاونت غذا ودارو از معاونت درمان مستقل شد و رسالت اصلی این معاونت پایش و نظارت کلیه امورمربوط به درمان در بخش خصوصی و دولتی و بیمارستان های تابعه می باشد که در راستای سیاست های کلان و ضوابط وزارت متبوع در حال ارائه خدمات می باشد .  که این معاونت دارای واحدها یی به شرح ذیل میباشد:
 واحد نظارت بر درمان 
 واحد بررسی و رسیدگی به شکایات       
 واحد صدور پروانه ها            
 واحد طرح و برنامه     
 واحد آمار     
 واحد آموزش
 واحد اورژانس پیش بیمارستانی ۱۱۵

شرح وظایف معاونت درمان

 نظارت بر حسن اجرای ضوابط و دستورالعملهای حوزه ستادی معاونت درمان در مؤسسات درمانی تابعه
نظارت بر امور مؤسسات درمانی تابعه دانشگاه اعم از بیمارستانها و مؤسسات توانبخشی و مراکز درمانی 
ابلاغ و نظارت بر حسن اجرای قوانین ، آئین نامه ها و ضوابط مربوط به خدمات پزشکان و پیراپزشکان و مراکز پزشکی اعم از دولتی و خصوصی و..
صدور گواهی اشتغال به کار جهت پزشکان عمومی، دندانپزشک، ماما و ... سطح شهرستان
ارائه گواهی فوت به بیمارستانها -مراکز خصوصی تحت پوشش و پزشکان متقاضی و واجد شرایط
نظارت و ارزیابی عملکرد بیمارستان بر اساس چک لیست های مربوطه و استانداردهای موجود
صدور پروانه تأسیس و مسئول فنی مراکز و مؤسسات پزشکی خصوصی و دولتی و موافقت اصولی
رسیدگی و نظارت بر امور خدمات پاراکلینیکی مؤسسات درمانی تابعه
انجام بازدیدهای شیفت عصر و خارج ساعات اداری (درمانگاه ها ، مطب پزشکان عمومی، متخصص، دندانپزشک و دفاتر کار و.... بر اساس آیین نامه های موجود
انجام بازدید از مراکز دفاتر کار بخش خصوصی بدو تأسیس وارائه گزارش به معاونت درمان دانشگاه
پیگیری اجرای طرح تحول نطام سلامت در بیمارستان های تابعه
نظارت و ارزیابی عملکرد واحدها در زمینه مدیریت بحران و حوادث غیرمترقبه
نیاز سنجی و برنامه ریزی و هماهنگی جهت برگزاری برنامه های آموزشی کاربردی برای کارکنان حوزه درمان و مدیران بیمارستان بصورت سالیانه
ثبت و بروز رسانی آمار اطلاعات پزشکان عمومی ، دندانپزشکان ، کارشناسان مامایی و.....سطح شهرستان
ثبت اطلاعات مربوط به بازدید ها و بروز رسانی آنها
تهیه گزارش عملکرد سالیانه و آنالیز نقاط ضعف و قوت
انجام بازدید متفرقه طی گزارشهاو شکایات واصله از بخش خصوصی
جوابگویی به ارباب رجوع به صورت حضوری و تلفنی
رسیدگی به شکایات واصله ، تخلفات پزشکان و پیراپزشکان و مراکز پزشکی به منظور جلوگیری از دخالت افراد فاقد صلاحیت در امور پزشکی و تعطیلی مراکز ارائه دهنده خدمات پزشکی غیرمجاز و پیگیری افراد خاطی از طریق مراجع ذیصلاح